DoxygenのMarkdownファイルはソースファイル
Doxygenの自動リンク機能は強力で便利で、一度使い出すとやめられない。md(markdown)でも自動リンク構文が使える。
ソース内のドキュメンテーションコメント以外に、独立したmdファイルのドキュメントも書いている。自動リンクを使い出すと、mdファイルも、プロジェクトのソースファイル群の一部と考えなくてはならない。
例えば、ファイル/クラス/関数/変数などをリネームすると、mdファイルからの自動リンクも切れてしまうので、変更はmdファイルも含めて行わないといけない。grepするときも、*.{cpp,h,md} のようにgrepする。
作業の負担は増えるのだが、全体としては、ソースと整合したDoxygenドキュメントがあるのはメリットが大きいので、ソースとしてmdファイルもメンテナンスしたほうがいい。