…GhostView GraphViz Windows上のPythonでグラフ描画： PyGraphvizインスールで一苦労 - 檜山正幸のキマイラ飼育記 Doxygen Doxygenインストール超簡単、その他のソフトウェアも思い出す - 檜山正幸のキマイラ飼育記 メモ編 pandoc TeXは必要になったらでいいな。GhostViewは必須だ。ps2pdfコマンドは欲しいが、Ghostscriptに付いているようだ。 http://www.khotta.org/ghost/…

…= YESとすると、Graphviz dotを使って描画をする。グラフ関係の設定項目は、 $ grep _GRAPH Doxyfile # If the CLASS_GRAPH tag is set to YES then doxygen will generate a graph for CLASS_GRAPH = YES # If the COLLABORATION_GRAPH tag is set to YES then doxygen will generate a …

…でグラフ描画： PyGraphvizインスールで一苦労 - 檜山正幸のキマイラ飼育記 GraphVizは大変だった。 GraphVizのような例外もあるが、歴史があって長く使われ続けているソフトウェアはインストールも簡単な傾向がある。[追記]Doxygen、Web上のオンラインヘルプもあるし、CHMのローカルヘルプもあるし、マニュアルも半端ない完備度。凄いなー。[/追記][さらに追記]日本語のサイトまである。ドヒャー。 http://www.doxygen.jp/ 今でもそれ…

…の位置関係も難しい。GraphVizは頑張っているが、それでも見づらいことがある。この話は、「dots-and-wires図 vs. boxes-and-wires図」にも関連する。幾何学的ポアンカレ双対の図示としては、dots-and-wiresが正しい。だが、ラベルを入れる矩形をboxで表すなら、boxes-and-wiresに軍配が上がる。Globularの弱点／機能不足のひとつはbox（一般的には大きさをもつノード）がまったく描けないことだろう。たかがお絵描き、されど…

….R") biocLite("Rgraphviz") これで済む。biocLiteという関数を使うわけだ。簡単だ。入れたパッケージは、Rgraphviz。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rgraphviz.html http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Rgraphviz/inst/doc/Rgraphviz.pdf

gvモジュールを使うとき使っているオプション。 --arrowhead --arrowtail --bgcolor --color --dir --fillcolor --fontcolor --fontname --headlabel --label --peripheries --rankdir --shape --style --width値付き。 --arrowhead=diamond --arrowhead=dot --arrowhead=none --arrowh…

… matrix PyGraphviz AGraph edge listは、辺を表現するタプルのリスト。 やってみたら、DiGraph({1:[2,3], 2:[3, 4]}) もOKだった。 属性付きの辺は、(u, v, dict) というタプルで、dictは辞書。 グラフ全体、頂点、辺のそれぞれに属性を付けられる。数値属性のどれかを（必要に応じて）weightと呼ぶ。 G.graph でグラフ属性にアクセスできる。 G.node[1] などで頂点属性にアクセスできる。 G[…

… "graph" }GraphvizのDOT形式なら： strict digraph "graph" { graph [bgcolor=gainsboro, label=sequent, rankdir=LR ]; node [label="\N"]; sin1 [shapa=point, style=invis]; seq [fillcolor=darkseagreen, label="==>", style=filled]; sin1 -> seq [label=A]; …

…ために矢印は付ける。Graphvizならnormal arrow（入出力）、inv arrow（パラメータ）を使う。void型とnever型void型とnever型は、それぞれデカルト半環圏の直積単位＝終対象と直和単位＝始対象に対応する。void型、never型を入出力とする射は組み合わせとして4種あるが、neverからの射は描画対象にならない（ソフトウェアでの実現もできない）ので、次の3種となる。 f :: A -> never f :: void -> B f :: A …

…anl.gov/pygraphviz/reference/agraph.htmlメモしておくが、まだメチャクチャ。後で整理する。 [追記 date="2011-09-02"] 後で整理とか言っているあいだに、鍬田くんはPyGraphvizが使えるようになり、僕は使い方がよくわからないまま。もういいや。[/追記] 表現データ {始点1 : {終点1-1 : None, 終点1-2 : None, ...}, 始点2 : ...}または、 {始点1 : [終点1-1, 終点1-2…